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ベニバナヤマシャクヤクは●「絶滅危惧II類（ＶＵ）」 絶滅の危険が増大している種。(http://www.rdbplants.jp/)

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熊本県植物誌に「極稀」とあります。

『 区別していえばケナシベニバナヤマシャクヤク f.glabra (Makino) Kitamとされるものである。』(熊本県植物誌 221頁：)

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レッドデータブック　くまもと2009
○「絶滅危惧IＡ類（ＣＲ）」 ごく近い将来における野生での絶滅の可能性が極めて高いもの。

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平成１７年５月２０日熊本県告示第640号で県内稀少野生動植物に指定されるとともに、併せて指定希少野生動植物に指定されました。